Apotekarska ustanova Niš ima implementiran integrisani sistem menadžmenta (ISO 9001, ISO 14001 i ISO 45001) koji je u skladu sa Dobrom apotekarskom praksom, Dobrom laboratorijskom praksom, Dobrom proizvođačkom praksom, Dobrom praksom u distribuciji i zakonskom regulativom Republike Srbije. Apotekarska ustanova Niš je  prva zdravstvena ustanova u Srbiji koja je 2012.godine usaglasila sistem menadžmenta sa novim verzijama standarda ISO 9001:2015 i ISO 14001:2015, a 2013. godine sa novom verzijom standarda ISO 45001:2018 – menadžment bezbednošću i zdravlјem na radu. Održavanje standarda ima za cilj unapređenja performansi, odnosno efikasnosti i efektivnosti  sistema, a u skladu je sa srpskom i evropskom regulativom,